Nach seiner Ausbildung in Kuchl sammelte Markus Schaffer Erfahrungen in einem österreichisch-polnischen Laubholzbetrieb, bevor er 1999 ins Familienunternehmen in der Steiermark eintrat. Er wirkte sowohl im Sägewerk als auch in den zu Schaffer Holz gehörigen Fensterkantelwerken (Schaffer Holz Tirol/TLH und STLH) in verschiedenen Positionen.
Nach dem Rückzug seines Vaters, Hans Schaffer, 2016 übernahm er die Geschäftsführung der Betriebe und leitete in weiterer Folge den Verkauf des Fensterkantelwerkes in Tirol und die damit einhergehende volle Konzentration auf die Kernkompetenz „Starkholzsäge“ ein. Im 50. Lebensjahr des Jubilars wurde daher auch mit einer Modernisierung des Bandsägewerkes begonnen. Damit wird das Unternehmen für die nächste Generation, die bereits in den Startlöchern steht, sichergestellt.